حرص الدستور على أن يحدد اختصاصات المحكمة الاتحادية العليا، فنص في المادة (99) على أن:-

تختص المحكمة الاتحادية العليا بالفصل في الأمور التالية:

• المنازعات المختلفة بين الإمارات الأعضاء في الاتحاد، أو بين أية إمارة أو أكثر وبين حكومة الاتحاد، متى أُحيلت هذه المنازعات إلى المحكمة بناء على طلب أي طرف من الأطراف المعنية.
• بحث دستورية القوانين الاتحادية، إذا ما طعن فيها من قبل إمارة أو أكثر لمخالفتها لدستور الاتحاد. وبحث دستورية التشريعات الصادرة عن إحدى الإمارات، إذا ما طعن فيها من قبل إحدى السلطات الاتحادية لمخالفتها لدستور الاتحاد، أو للقوانين الاتحادية.
• بحث دستورية القوانين والتشريعات واللوائح عموماً، إذا ما أُحيل إليها هذا الطلب من أية محكمة من محاكم البلاد أثناء دعوى منظورة أمامها وعلى المحكمة المذكورة أن تلتزم بقرار المحكمة الاتحادية العليا الصادر بهذا الصدد.
• تفسير أحكام الدستور إذا ما طلبت إليها ذلك إحدى سلطات الاتحاد، أو حكومة إحدى الإمارات. ويعتبر هذا التفسير ملزماً للكافة.
• مساءلة الوزراء وكبار موظفي الاتحاد المعينين بمرسوم، عما يقع منهم من أفعال في أداء وظائفهم الرسمية بناء على طلب المجلس الأعلى ووفقاً للقانون الخاص بذلك.
• الجرائم التي لها مساس مباشر بمصالح الاتحاد، كالجرائم المتعلقة بأمنه في الداخل أو في الخارج، وجرائم تزوير المحررات أو الأختام الرسمية لإحدى السلطات الاتحادية، وجرائم تزييف العملة.
• تنازع الاختصاص بين القضاء الاتحادي والهيئات القضائية المحلية في الإمارات.
• تنازع الاختصاص بين هيئة قضائية في إمارة وهيئة قضائية في إمارة أخرى. وتنظيم القواعد الخاصة بذلك بقانون اتحادي.
• توحيد المبادئ القضائية الاتحادية والمحلية.
• الرجوع عن القرارات والأحكام الباته.
• أية اختصاصات أخرى منصوص عليها في هذا الدستور أو يمكن أن تحال إليها بموجب قانون اتحادي.

وقد أضاف الدستور ذاته إلى المحكمة الاتحادية العليا الاختصاص بالفصل في:-

1. الاعتراض الذي قد يثيره المجلس الأعلى للاتحاد على إبرام الإمارات للاتفاقيات الدولية التي يجوز لها عقدها طبقاً لنص المادة (123) من الدستور.
2. الخلاف الذي قد يثور بين إحدى الإمارات والسلطة الاتحادية المختصة في شأن إبرام هذه السلطة معاهدة أو اتفاقية دولية تمس المركز الخاص لتلك الإمارة وذلك عملاً بالمادة (124).
3. التعارض الذي قد يقوم بين هذا الدستور ودساتير الإمارات، أو بين القوانين الاتحادية والتشريعات واللوائح والقرارات الصادرة عن سلطات الإمارات، وذلك عملاً بالمادة (151).